El nuevo técnico de la franquicia era un entrenador cuyo éxito basaba en la defensa, las posesiones largas y el básquet-control, aspectos que no favorecían al lucimiento personal de Gasol pero daban resultados. Superó su récord personal de puntos frente a Seattle Supersonics el 28 de marzo de 2006 con 44, y firmó su primer triple-doble también frente a los Sonics con 21 puntos, 12 rebotes y 12 asistencias. En enero firmó 21,9 puntos, 10,7 rebotes, 3,4 asistencias y 2,7 tapones; en febrero 21,8 puntos, 11,8 rebotes, 3,6 asistencias y 2,4 tapones; en marzo 21,7 puntos, 10,2 rebotes, 3,5 asistencias y 2 tapones; en abril 20,4 puntos, 11,1 rebotes, 4,4 asistencias y 2 tapones. Acabó la temporada con 20,8 puntos, 9,8 rebotes, 3,4 asistencias y 2,1 tapones, la mejor a nivel individual pero empañada por la mala actuación del conjunto, 22 victorias y 60 derrotas. Fue nombrado «atleta del siglo» en 1980 y, en 2000, quedó en segunda posición en los premios al «deportista del siglo» detrás de Muhammad Ali. Fue elegido jugador de la semana en la Conferencia Oeste del 27 de diciembre al 2 de enero, tras firmar 23,6 puntos, 7,7 rebotes, 3,3 asistencias y 1,3 tapones.
Fue nombrado jugador de la semana en la Conferencia Oeste en dos ocasiones. El final de la temporada regular acabó con Los Angeles Lakers acreditándose la 2.ª mejor marca de la conferencia oeste (57-25) y otro año más se disponían a luchar por el título. Posiblemente su mejor partido aquel año lo cuajara ante Boston Celtics el 3 de marzo de 2003 con 23 puntos y 17 rebotes. Logró alcanzar los 3000 puntos el 31 de octubre de 2003 ante Boston Celtics, y los 1500 rebotes el 12 de noviembre de 2003 frente a Orlando Magic. Los Thunder hicieron su primera aparición en Billings, Montana, el 8 de octubre de 2008, perdiendo 88-82 contra los Minnesota Timberwolves. Aquella temporada, Pau tendría su primera lesión seria en la NBA, una fascitis plantar que le obligaría a perderse 23 partidos. Se perdió su primer encuentro en la NBA el 5 de abril de 2004 por una lesión en el pie, poniendo fin a la racha de 240 partidos consecutivos en pista, 6.ª mejor racha de la liga. En rebotes lo igualó en 4 ocasiones, y en tapones solamente una, igualando sus 7. Participó, nuevamente, en el encuentro entre novatos y sophomores del All Star de 2003, mejorando en esta ocasión con 17 puntos y 11 rebotes.
Pau insuficientes, 18,5 puntos, 5 rebotes y 2,5 asistencias. Promedió 22,8 puntos, 10,8 rebotes y 2,5 tapones en el mes de enero, igualando su récord en puntos en hasta 3 ocasiones, frente a New York Knicks, Philadelphia 76ers y Toronto Raptors. En 32 minutos de media estuvo en 17,8 puntos, 7,3 rebotes y 2,4 asistencias, mejorando sus prestaciones en postemporada con 21,3 puntos, 7,5 rebotes y 2,5 asistencias en 33,3 minutos, aunque consiguiendo el mismo resultado, 4-0, esta vez frente a Phoenix Suns. En el primer partido los Clippers se dieron un festín tras ganar 122-105, en el cual CP3 destacó con 32 puntos y 10 asistencias, pero el resto de la serie los Thunder dominaron y ganaron con un 4-2 global. Jugó su mejor partido de la temporada frente a los Sixers con 34 puntos, 15 rebotes, 2 asistencias, 3 tapones y 1 robo. En la temporada 2005-06, Gasol disputó el All-Star Game de la NBA en Houston, siendo el primer español y el primer jugador de los Grizzlies en conseguirlo, y logrando ser el máximo reboteador del partido con 12 rebotes. Gasol tuvo que perderse el inicio de temporada (23 partidos) debido a la lesión que sufrió en las semifinales del Mundial de Japón frente a Argentina.
